水利水电工程系是水利水电学院的本科教学管理机构，目前本科专业为水利水电工程，是我国同类专业中建立最早、培养学生最多的专业之一。本专业以立德树人为人才培养根本任务，秉承“以学生为本”的教育理念，以强化专业内涵建设为根本，以重构专业知识体系为重心，以深化模式改革为推力，以完善体制机制为保障，全面提升学院本科人才培养质量。2007年入选首批国家级特色专业，2011年全国第一个通过工程教育专业认证，2019年获首批国家级一流本科专业建设点。水利水电工程专业设有2个国家级实验教学示范中心，开设多门校企合作课程，联系建设11个实践教学基地，加强校企合作、产教融合；已创建“全国大学生水利创新设计大赛”国家级竞赛平台，组织了“江苏省大学生水创意设计大赛”、“江苏省大学生机械创新设计大赛”，多方位培育面向国家重大战略需求和国际学术前沿的卓越化、综合型人才。
近年来，教师获国家级教学成果二等奖1项，省级教学成果奖5项，新工科、新农科教改项目2项，获国家级教学名师、江苏省教学名师、宝钢优秀教师奖等荣誉8人次，全国水利学科青年教师讲课竞赛一等奖及以上6人。已建成3门国家级一流本科课程，1门国家级课程思政示范课程，2门国家精品课程，2门国家级精品资源共享课，2门国家精品在线开放课程，1门国家精品视频公开课等。学生在全国大学生水利创新设计大赛、全国大学生机械创新设计大赛、全国大学生数学建模竞赛、全国大学生节能减排社会实践与科技竞赛、全国大学生先进成图技术与产品信息建模大赛、江苏省大学生水创意设计大赛等国家、省部级科技竞赛中屡创佳绩，获得了一系列国家级、省部级奖项。
