水利水电学院团委下设有书记处、办公室、组织部、宣传部、实践部、青年志愿者大队、红十字会这七个职能部门。书记处由1名书记、3名副书记、1名秘书长组成；办公室、组织部、宣传部、实践部、青年志愿者大队、红十字会分别由1名部长、3-4名委员组成。
| 部门 | 部门职责 |
| 书记处 | 书记负责全面工作，副书记各分管若干具体部门；对团委的各项活动进行监督和指导；书记处成员定期召开会议，对团委整体工作进行安排、布置及考评。 |
| 办公室 | 1.团委档案、资料管理。2.通讯稿的审核、修改与上传；3.会议前期文档准备。4.团委内务（如物品保管、教室申请、内部通知等）；5.下属的秘书处主要负责报账等财务相关事情；6.组织促进团委内部团结的活动（内部联谊、内部篮球赛等） |
| 组织部 | 1.与学院党支部紧密联系，开展团员推优、党员发展等事宜；2.学院三大组织干事管理培训（包括实践、理论讲座等等）；3.学院各年级学生干部系列培训 |
| 宣传部 | 1.团委主办活动的前期宣传（海报、网络、宣传单、广播等方式）；2.每学期开展的团日活动评比及颁奖；3.团委主办活动过程中所需的海报绘画工作；4.所有团委活动的影像拍摄（照片、视频） |
| 实践部 | 1.团委干事素质拓展；2.暑期（寒假）社会实践宣传、动员以及后期整理、汇报；3.群英会的传承与完善 |
| 青年志愿者大队 | 1.志愿服务系列活动，与校青志总队、各院青志有较大关联以及合作；2.常规活动如收餐盘、慰问老年公寓、慰问儿童福利院、地铁站志愿服务等；特色活动如组织募捐（青志红会合作）等；与南京市内的部分老年公寓、地铁站、福利院等等建立有长期合作关系
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| 红十字会 | 唯一一个院级的红十字会，团委特色部门。主要负责组织学院以及学校范围内的献血、疾病防治宣传（常规如：肺结核、甲乙肝防治宣传、突发情况如：H7N9防治讲座）、组织学生参观南京市血站、组织募捐活动、与附近高校献血志愿者进行定期联谊活动等等。与校医院、南京市血液中心等建立有长期的合作关系。 |