河海大学水利工程学科是我国同类专业中建立最早、培养学生最多的学科，起源于1915年张謇创办的河海工程专门学校。学院拥有水力学及河流动力学、水工结构工程、水利水电工程、水利水电建设与管理四个二级博士学位授权点和土木水利专业硕士学位授权点。

以我院学科为主要支撑的水利工程学科是国家首批211工程重点建设学科、国家一级重点学科、国家优势学科创新平台建设学科，1991年建立博士后流动站，1999年经教育部批准，设立了“长江学者计划”特聘教授岗位。2004年成立水文水资源与水利工程科学国家重点实验室。2008、2012全国学科评估均为第一，2016年学科评估获评A⁺。2010年和2014年连续入选江苏优势学科建设工程，2017年水利工程学科入选国家“双一流”建设学科。

水力学及河流动力学学科是创建于1952年，1981年成为国内首批具有博士、硕士学位授予权的学科，1994年经江苏省人民政府批准成为江苏省首批重点学科，1996年成为国家“211工程”重点建设学科。2006年再次评为江苏省重点学科，2007年成为国家重点学科。

水工结构工程创建于1952年，1981年成为国内首批具有博士、硕士学位授予权的学科，1996年成为国家“211工程”重点建设学科和水利部重点学科，1997年为国家“211工程”重点建设学科，2001年入选首批国家重点学科。

水利水电工程学科创建于1952年，1984年获得硕士学位授予权，1993年取得博士学位授予权，1996年被评为水利部重点学科，其水力发电试验中心被评为水利部重点实验室；1996年成为国家“211工程”重点建设学科，2007年成为国家重点学科。

水利水电建设与管理学科是为了顺应我国水利水电“建管并重，综合整治”的发展趋势而设置的新学科，该学科于2005年自主设置并经教育部备案，具有工学博士、工学硕士授予权。2012年通过了教育部组织的自主设置目录外二级学科论证。