1915年，在“大工将施，储才为急”的时代背景下，河海工程专门学校创办时，便设立了水工学部核心教学单位，成为我国水利工程建设领域最早开展高等教育的组织。1952年，华东水利学院建立时，赓续传统创设了水力发电系和水工结构系，矢志为迫切的新中国水利事业培养专门建设人才。1954年，水力发电系和水工结构系合并为河川枢纽及水电站水工建筑系，1984年河川系改名为水力发电工程系。建系之初，聚集了一批具有真才实学的名师大家和骨干力量，他们亲自动手制订水工专业教学计划与培养方案，编写讲义和教材，形成了完整的水利水电工程专业人才培养体系，着力培养一大批掌握高级工程技术，规划、设计、建造、管理的水利专门人才。七十年来，水电人遍布祖国的江河湖海，哪里有困难，哪里就有水电人的身影；哪里有需要，哪里就有水电人的步伐。

学院先后承担了三峡、小浪底、南水北调、锦屏、小湾、溪洛渡、向家坝、乌东德、白鹤滩等遍布国内外的重大工程科研项目。学院以学科优势为支撑，依托水文水资源与水利工程科学国家重点实验室、水资源高效利用与工程安全国家工程研究中心、国家工科力学教学基地、国家大学生文化素质教育基地等国家级科教平台，发表论文2000余篇，出版教材、专著80余部。先后获得国家科技进步特等奖等奖项70余项。

近七十年来，学院坚持“立德树人”为根本，为国家培养了2万余名毕业生，成为国民经济战场的主力军和水利水电建设的骨干力量，为我国水利水电建设和管理做出了杰出贡献。他们中间涌现了大批学术大师、治国栋梁和行业精英，包括吴中如、唐洪武等9位两院院士，索丽生、金忠青等10多位省部级领导。学院在除害兴利的接续奋斗中，水利水电学院因水而生，缘水而为，顺水而长，始终与国家同命运，与时代共发展。